W 1917 roku powiedział ojcu, że chce być księdzem. Ojciec nie wyraził entuzjazmu, zapytał syna, czy zdaje sobie sprawę z tego, co to znaczy być księdzem. Udało się Stefanowi przekonać ojca. W końcu zgodził się na pójście syna do małego seminarium – to znaczy do Liceum Piusa X we Włocławku. Po dwu latach nauki i zdaniu matury poszedł do Wyższego Seminarium Duchownego we Włocławku. Tutaj otrzymał solidną formację intelektualną i duchową. Jak postępowa była ta formacja świadczy choćby takie wspomnienie:
Jeszcze w 1921 r. gdym był na pierwszym kursie filozofii w seminarium duchownym, to moi profesorowie włożyli mi do ręki pisma, które mi się mocno przydały: to był „Kapitał” Marksa i kazali mi to czytać. I zdawałoby się: Po cóż tobie, człowieku to wiedzieć, po cóż tobie? (…)
Ja sobie nieraz przypisuję to, że marksizm znam może nawet lepiej niż niejeden wybitny marksista. W-wa, 2.12.57, kł. św. Anny
Jak wskazuje powyższa wypowiedź, Stefan uczył się w Seminarium bardzo solidnie. Cała jego późniejsza formacja intelektualna ma podwaliny już w tym młodzieńczym okresie. Był później człowiekiem wszechstronnej, głębokiej wiedzy. Bardzo dużo czytał i to nie tylko książek teologicznych.
W czasie rekolekcji przed święceniami kapłańskimi napisał sobie 10 punktów dotyczących jego życia wewnętrznego:
Timete Deum.
- 1.Mów mało – żyj bez hałasu – cisza.
- 2.Czyń wiele, lecz bez gorączki, spokojnie.
- 3.Pracuj systematycznie.
- 4.Unikaj marzycielstwa – nie myśl o przyszłości, to rzecz Boga.
- 5.Nie trać czasu, gdyż on do ciebie nie należy: życie jest celowe, a więc i każda w nim chwila.
- 6.We wszystkim wzbudzaj dobre intencje.
- 7.Módl się często wśród pracy – beze Mnie nic nie możecie uczynić.
- 8.Szanuj każdego, gdyż jesteś odeń gorszy: Bóg pysznym się sprzeciwia.
- 9.Wszelką mocą strzeż swego serca, ponieważ z niego wypływa życie.
- 10.Miłosierdzie Boże na wieki wyśpiewywał będę.
Umocnieniem i przestrogą dla Stefana były słowa babuni wypowiedziane na kilka miesięcy przed święceniami w 1923 roku.
„Poprosiłem ją o błogosławieństwo na drogę kapłańską. Ta prosta kobieta, żegnając mnie, powiedziała: Pamiętaj, jeżeli będziesz złym księdzem, to mi się na oczy nie pokazuj. (…) Do dziś dnia dobrze to pamiętam i nigdy nie zapomnę. Te proste, lecz zdecydowane słowa kobiety chrześcijańskiej miały wielkie znaczenie dla mojego osobistego życia.” (Cz. n. m., s. 15)
Prawdziwą próbą wiary był dla Stefana czas święceń kapłańskich. Tak bardzo pragnął kapłaństwa, tak się do niego przygotowywał. I oto zamiast do święceń musiał iść do szpitala z podejrzeniem o dur brzuszny. Okazało się, że było to poważne zapalenie płuc, jednak nie gruźlica, jak mylnie podają niektóre biografie. Warunki bytowe w seminarium były bardzo ciężkie, alumnom często dokuczał głód.
